Caracterización de las barreras energéticas que intervienen en la disociación de la horquilla de ADN AACC4 en el rango de los nanosegundos

Abstract

Simulaciones de dinámica molecular dirigida fueron usadas para alterar la estructura terciaria de la horquilla de ADN: AACC4 compuesta por cinco pares A-T. La horquilla fue sometida a fuerzas constantes entre 100 y 500 pN de manera que los pares se pueden separar. Las fuerzas se aplicaron hasta que todos los pares de bases se disocien. Para cada fuerza, se realizaron siete ensayos. Los tiempos de ruptura oscilaron entre varios picosegundos hasta un par de nanosegundos. Éste dependía no sólo de la fuerza externa, sino también de la ubicación del par de bases. Para cada par, se analizó la relación entre el tiempo de ruptura promedio y la fuerza aplicada en el contexto de la teoría de Kramers-Bell, que predice una relación lineal entre el logaritmo de los tiempos de ruptura y la fuerza. Como resultado de ello, llegamos a la conclusión de que el proceso de disociación forzado no sigue la relación lineal anteriormente mencionada sino una cuadrática. Estas simulaciones dan una idea sobre la energética de esta horquilla