2024-03-29T08:10:41Zhttps://bibdigital.epn.edu.ec/oai/requestoai:bibdigital.epn.edu.ec:15000/78842019-04-07T21:31:49Zcom_15000_7557com_15000_7554com_15000_7553com_15000_1col_15000_7558
Estudio computacional de la interacción del péptido catiónico bactenecin con una membrana lipídica
Morales Navarrete, Hernán Andrés
Biofísica computacional
Física de membranas
Péptidos catiónicos antimicrobianos
Simulación
Dinámica molecular
109 hojas : ilustraciones, 29 x 21 cm + CD-ROM 4646
Con el fin de entender las bases físicas de la interacción del péptido antimicrobiano catiónico Bactenecin con las membranas biológicas, se estudió el comportamiento de este péptido cerca de una bicapa lipídica de DPPC (1,2-Dipalmitoyl-sn-Glycerol-3-Phosphatidilcholine) utilizando simulaciones de dinámica molecular con solvente explícito. Como punto de partida, se utilizó una estructura lazo-? obtenida computacionalmente para el Bactenecin. Se realizaron diez simulaciones de 10 ns a 310 K y 1 atm para diez diferentes orientaciones iniciales del péptido con respecto a la membrana. En tres de ellas el péptido no entró en contacto con la membrana; en otras tres, el péptido se acercó a la membrana, se adhirió a su superficie y permaneció adherido a ésta hasta el final de las simulaciones; y en las cuatro restantes, el Bactenecin se adhirió a la superficie de la membrana y posteriormente se insertó parcialmente en ésta. Las simulaciones mostraron que no todas las orientaciones iniciales del péptido favorecen su adhesión a la membrana. La unión del Bactenecin a la membrana ocurrió únicamente para ángulos de inclinación cercanos a 90 grados y ángulos de rotación bien entre -90 y 0 grados o entre 90 y 180 grados. Adicionalmente, los resultados sugieren que el acercamiento y adhesión del Bactenecin a la membrana está guiado por la interacción electrostática entre la Arg1 o la Arg12 del péptido con las cabezas de lípidos, mientras las fuerzas de van der Waals parecen tener un papel crucial durante la inserción. La formación de enlaces de hidrógeno entre las argininas del Bactenecin y las cabezas de lípido estabilizan el péptido tanto durante el proceso de adhesión como durante el proceso de inserción. Además, las simulaciones mostraron que la inserción del péptido en la membrana tiene efectos perturbativos en la estructura bicapa. Los lípidos cambiaron su localización y organización espacial, de modo que se observó una ausencia de éstos en la región cercana a la posición del péptido y una agregación en otras regiones de la bicapa. Estos resultados sugieren que cuando el Bactenecin se inserta en la bicapa de DPPC lo hace de una forma consistente con el modelo de la "alfombra''.
Bayas Rea, Marco Vinicio, director
2014-07-23T20:27:14Z
2014-07-23T20:27:14Z
2013
masterThesis
T-MVE/0200/CD 4646
http://bibdigital.epn.edu.ec/handle/15000/7884
spa
openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
Quito, 2013
oai:bibdigital.epn.edu.ec:15000/85462019-04-07T11:47:58Zcom_15000_7557com_15000_7554com_15000_7553com_15000_1col_15000_7558
Simulación computacional de la trayectoria de electrones de incepción en un tramo corto de aire
Egas Escobar, Mario Eugenio
Física de las descargas eléctricas
Probabilidad direccional de una descarga eléctrica
185 hojas : ilustraciones, 29 x 21 cm + CD-ROM 5758
Resumen .- En este trabajo se discuten las consideraciones teóricas necesarias para describir la dinámica de electrones en un gas bajo la acción de un campo eléctrico. El punto central de la discusión es el papel de las colisiones de los electrones con las moléculas del medio en la trayectoria final. En los primeros Capítulos se establecen la importancia del tema de investigación, los conceptos básicos de las descargas en gases, el estado del arte, las teorías de Townsend y de la Flámula, entre otras. En el tercer Capítulo se estudia el fenómeno mediante la Teoría Cinética y de los Fluidos. En el cuarto Capítulo se determinan los conceptos necesarios para realizar la simulación computacional, se aborda el problema de la probabilidad del siguiente choque una vez que se ha producido uno, y se desarrollan las ecuaciones para las secciones eficaces totales y diferenciales para colisiones con el modelo del apantallamiento de Coulomb. De esta manera se plantean las condiciones para poder evaluar la trayectoria de electrones en un medio gaseoso como el aire. Por último, se realiza la simulación con el código desarrollado en Lenguaje C y se obtienen los resultados numérica y gráficamente. Abstract .- In this study, theoretical considerations needed to describe the dynamics of electrons in a gas under the action of an electric field is discussed. The focus of the discussion is the role of collisions of electrons with molecules of the medium in the final trajectory. The early Chapters establish the importance of the research topic, the basic concepts of discharges in gases, the State of the Art, Theories of Townsend and Streamer, and others. In the third Chapter, the phenomenon is studied by Kinetic and Fluid theories. In the fourth Chapter the concepts necessary for computer simulation, the problem of the probability of the next shock once one has occurred are determined. Equations for total and differential cross sections for collisions are developed with the model of Coulomb shielding. Thus conditions to assess the trajectory of electrons in a gaseous medium such as air arise. Finally, the simulation is performed with the code developed in C language and results are obtained numerical and graphically.
Medina Alvarado, Nelson Javier, director
2014-08-29T22:40:57Z
2014-08-29T22:40:57Z
2014-08-21
masterThesis
T-MVE/0295/CD 5758
http://bibdigital.epn.edu.ec/handle/15000/8546
spa
openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
Quito, 2014.
oai:bibdigital.epn.edu.ec:15000/87282019-04-07T18:03:46Zcom_15000_7557com_15000_7554com_15000_7553com_15000_1col_15000_7558
Clasificación de ráfagas de rayos gamma largas usando lag espectral y acf con correcciones cosmológicas
Baquero Larriva, Orlando Andrés
Astrofísica
Física de las altas energías
110 hojas : ilustraciones, 29 x 21 cm + CD-ROM 5867
Resumen .- Las ráfagas de rayos gamma (GRBs) han sido reconocidas como fuentes de estudio cosmológicas y poseen curvas lumínicas distintivas gracias a una estructura temporal compleja. La Función de Autocorrelación (ACF) y la Función de Correlación Cruzada (CCF) son herramientas versátiles con características interesantes que se encuentran directamente relacionadas con la variabilidad de la escala temporal de los GRBs. Estos parámetros son comúnmente atribuídos a un origen físico, como la actividad del motor central, el medio circundante a la explosión o la turbulencia relativista del jet, por lo que además aportan información subyacente sobre el tipo de progenitor. Proponemos una nueva clasificación de GRBs largos, basada en estimadores temporales, tales como el lag espectral, extraído con el método de la CCF, y la ACF con correcciones cosmológicas, en dos bandas de energía de una muestra seleccionada de GRBs detectados por el telescopio espacial Swift con corrimiento al rojo conocido. Abstract .- Gamma-ray bursts (GRBs) are well established as cosmological sources; with a complex temporal structure their light curves are very distinct and are directly associated with as- trophysical jets. The Autocorrelation function (ACF) and Cross correlation function (CCF) are versatile tools with interesting characteristics. Directly related to the light curve varia- bility time scale, this parameter is commonly attributed to a physical origin like the central engine activity, the circumburst medium, or the relativistic turbulence of the jet, so also provide underlying information about the progenitor type. We propose a new classification of long GRBs, based on temporary estimators, such as the spectral lag, extracted with the method of the CCF, and ACF with cosmological corrections in two energy bands of a selected sample of GRBs detected by the Swif Swift space telescope with known redshift.
Vásquez Pazmiño, Nicolás Alejandro, director
2014-10-29T20:19:58Z
2014-10-29T20:19:58Z
2014-10-15
masterThesis
T-MVE/0306/CD 5867
http://bibdigital.epn.edu.ec/handle/15000/8728
spa
openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
Quito, 2014.
oai:bibdigital.epn.edu.ec:15000/141072019-04-07T21:38:17Zcom_15000_7557com_15000_7554com_15000_7553com_15000_1col_15000_7558
Fenómenos críticos en datos de precipitación lluviosa intensa detectados con radar y microondas, en la zona de influencia del Fenómeno del Niño sobre el Ecuador, en el período 2009-2012
Serrano Vincenti, María Sheila Fabiola
Física
Meteorología
Climatología
El presente trabajo muestra con datos de alta precisión, y bajo los efectos del Fenómeno del Niño (ENSO) la presencia de una transición de fase continua en la precipitación intensa. Se utilizaron datos de lluvia y vapor de agua del satélite TRMM detectados con radar y microondas, sobre la región del Océano Pacífico Central conocida como Niño 3.4 (de 4.8x106 Km2), con una resolución espacial de 5 km y cada 1.6 segundos durante cuatro años (de 2009 a 2012). Sobre los datos obtenidos, se analizaron características como la escalabilidad, exponentes universales, susceptibilidad del sistema y criticalidad auto-organizada. Los resultados muestran un comportamiento compatible con la teoría de la transición de fase continua desde un estado de lluvia ligera a otro de lluvia intensa, al atravesar un valor crítico de vapor de agua, aunque se encontró una ligera corrección sobre los exponentes reportados. Finalmente, se concluye que esta teoría mejora la comprensión del sistema atmosférico, generalmente estudiado desde la dinámica de fluidos; que debido a su no linealidad, evidencia su naturaleza difícil de predecir, sobretodo en el caso de eventos tan complejos como el de la lluvia intensa.
The present work shows with high accuracy data, and under the influence of El Niño Southern Oscillation (ENSO) the presence of a continuous phase transition in heavy precipitation. Were used rainfall and water vapor satellite data from TRMM detected with radar and microwaves over the Central Pacific Ocean region known as Niño 3.4 (of 4.8 x 106 km2), with a spatial resolution of 5 km and every 1.6 seconds for four years (from 2009-2012). Characteristics such as scalability, universal exponents, system susceptibility and self-organized criticality were analyzed. The results shown a behavior consistent with the theory of continuous phase transition from a state of light rain heavy rain to another, passing through a critical value of water vapor, although a slight correction on the reported exponents was found. Finally, we conclude that this theory improves the understanding of the atmospheric system, usually studied from fluid dynamics; because of its nonlinearity, reflects its unpredictable nature, especially in the case of this complex events like heavy rain.
Basile Carrasco, Leonardo, director
2016-02-04T20:30:59Z
2016-02-04T20:30:59Z
2016-01-25
masterThesis
Serrano Vincenti, M. S. F. (2016). Fenómenos críticos en datos de precipitación lluviosa intensa detectados con radar y microondas, en la zona de influencia del Fenómeno del Niño sobre el Ecuador, en el período 2009-2012. 102 hojas. Quito : EPN.
T-MVE/0402/CD 6758
http://bibdigital.epn.edu.ec/handle/15000/14107
spa
openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
Quito, 2016.
oai:bibdigital.epn.edu.ec:15000/188592019-04-07T14:05:30Zcom_15000_7557com_15000_7554com_15000_7553com_15000_1col_15000_7558
Evolución de la Entropía Durante la Transición Conformacional del Lazo 36 de la Hemaglutinina
Cajamarca Sacta, Kléver David
FÍSICA
BIOFÍSICA
DINÁMICA MOLECULAR
La transición entre las conformaciones no-fusogénica y fusogénica del lazo 36 de la cadena HA2 de la Hemaglutinina ha sido estudiada utilizando las trayectorias de simulaciones de dinámica molecular obtenidas en un trabajo previo. El análisis original de los datos se revisó exhaustivamente y se utilizaron diferente técnicas analíticas para su análisis. Se evaluó el método de clustering utilizado utilizando como parámetro la distancia euclídea entre estructuras en el espacio de Ramachandran, en lugar del RMSD, encontrándose evidencia de la existencia de conformaciones intermedias adicionales. Para estimar la entropía se utilizó la llamada aproximación quasi-armónica. Los valores de entropía obtenidos, se encuentran en el orden de 17 kcal/mol K, los cuales son mayores en un orden de magnitud a los resultados obtenidos en trabajos anteriores. Se estimó la energía libre, a partir del cálculo mejorado de la entropía, comprobando que el término -TS contribuye de forma no despreciable a la energía libre. El término de energía interna, se estimó a partir del promedio sobre el ensamble, aplicado sobre las trayectorias de dinámica molecular de equilibración para cada conformación intermedia, como resultado la altura de la barrera energética para la transición se estimó en 189.75 kcal/mol.
The transition between the non-fusogenic and fusogenic conformations of loop 36 of the HA2 chain of Hemagglutinin has been studied using the trajectories of molecular dynamics simulations of the loop obtained in a previous work. The original analysis of the data was thouroughly revisited and diferent analytical techniques were used for its analysis. First, the clustering method was evaluated using the Euclidean distance between structures in Ramachandran space, instead of the RMSD, finding evidence of existence of additional intermediate conformations. Importantly, the so called quasi-harmonic approximation was used to estimate entropy. The values of entropy obtained, are in the order of 17 kcal/mol K, which are one order of magnitude higher than the results obtained in previous works. The free energy was estimated based on this improved calculation of the entropy, proving that the term -TS contributes in a non-negligible way to the free energy. The internal energy term was estimated using an ensemble average over the equilibration MD trajectories of each intermediate conformation, as a result the height of the energy barrier for the transition was estimated in 189.75 kcal/mol.
Bayas Rea, Marco Vinicio, director
2017-10-24T17:15:31Z
2017-10-24T17:15:31Z
2017-10-24
masterThesis
Cajamarca Sacta, K. D. (2017). Evolución de la Entropía Durante la Transición Conformacional del Lazo 36 de la Hemaglutinina. 76 hojas. Quito : EPN.
T-MVE/0610/CD 8250
http://bibdigital.epn.edu.ec/handle/15000/18859
spa
openAccess
Quito, 2017.
oai:bibdigital.epn.edu.ec:15000/194202019-04-08T01:36:04Zcom_15000_7557com_15000_7554com_15000_7553com_15000_1col_15000_7558
Segregación y violencia como fenómenos emergentes de la dinámica social en la ciudad de Quito
Mena Guevara, José Gabriel
ALGORITMOS
SISTEMAS COMPLEJOS
MODELOS BASADOS EN AGENTES
La segregación es un fenómeno social, definido como la distribución no-trivial de grupos humanos en una ciudad. Este fenómeno emerge de la preferencia de los individuos por vivir en barrios con personas de características similares. Estas características pueden relacionarse con factores sociales como la etnia, los ingresos o el nivel de educación de una persona. En esta tesis se estudia el factor dominante en la dinámica segregacional de Quito. Este factor dominante es definido como el motivo principal para que las personas decidan mudarse o no a otro barrio. La primera propuesta es un algoritmo basado en agentes que permita caracterizar el proceso segregacional de un factor dominante. La segunda propuesta es un algoritmo estadístico que toma como punto de partida la segregación existente en una ciudad para estima cual factor es el dominante. Con los resultados, cuando se aplican estos algoritmos en Quito, se concluye que el factor socioeconómico es el dominante. Finalmente, se estima una relación entre la segregación socioeconómica de Quito y diferentes tipos de delitos reportados en la ciudad.
Segregation is a social phenomenon, defined as the non-trivial distribution of human groups in a city. This phenomenon emerges from the preference of persons for living in neighborhoods with people of similar characteristics. These characteristics can be related to social factors such as the ethnicity, income or level of education of a person. In this thesis the dominant factor in the segregational dynamics of Quito is studied. This dominant factor is defined as the main reason for people to decide to move or not to another neighborhood. The first proposal is an agent-based algorithm that allows to characterize the segregational process of a dominant factor. The second proposal is a statistical algorithm that takes as a starting point the existing segregation in a city to estimate which factor is the dominant one. With the results, when these algorithms are applied in Quito, we concluded that the socioeconomic factor is the dominant one. Finally, a relationship is estimated between the socioeconomic segregation of Quito and different types of crimes reported in the city.
Xulvi-Brunet, Ramon, director
2018-05-17T21:44:28Z
2018-05-17T21:44:28Z
2018-05-17
masterThesis
Mena Guevara, J. G. (2018). Segregación y violencia como fenómenos emergentes de la dinámica social en la ciudad de Quito. 51 hojas. Quito : EPN.
T-MVE/0671/CD 8809
http://bibdigital.epn.edu.ec/handle/15000/19420
spa
openAccess
Quito, 2018.
oai:bibdigital.epn.edu.ec:15000/252912024-02-14T17:00:55Zcom_15000_7557com_15000_7554com_15000_7553com_15000_1col_15000_7558
Estudio del efecto Guiding durante la interacción de haces de electrones de 1 keV a 10 keV con muestras macroscópicas de borosilicato.
Jácome Herbozo, Pablo Santiago
Irribarra Cazar, Esteban Felipe
ELECTROMAGNETISMO
MATERIA
ELECTRONES
PARCHE DE CARGA
El efecto Guiding es una técnica para dirigir partículas cargadas mediante su interacción con dieléctricos sin necesidad de aplicar campos electromagnéticos externos. Para el caso de haces de electrones, existen todavía incógnitas del fenómeno respecto de la dependencia de la energía y también si se produce una acumulación superficial de carga conocida como "Parche de carga". En este trabajo se estudió el efecto Guiding con haces de electrones entre 1 keV y 10 keV sobre una muestra plana de borosilicato. Se estableció que, a mayor energía del haz incidente, mayor es la corriente del haz dispersado en el plano que forman la velocidad inicial del haz incidente y la normal de la muestra de borosilicato proyectada desde el punto de impacto del haz. Se observó que las pérdidas de energía de los electrones dispersados no fueron mayores al 10%. Se midió la zona irradiada usando mecanismos como polarización eléctrica de una sonda, transferencia de carga por contacto y desviación de un haz por la fuerza de Coulomb. Se identificaron estados de pre y post irradiación de la placa de borosilicato sin embargo no se logró establecer la magnitud específica del parche de carga. Se desarrolló un software para la adquisición automática de datos generados por el electrómetro y la pistola de electrones con una interfaz de visualización. Este software fue implementado en lenguaje Python y javascript usando bibliotecas de software libre.
The Guiding effect is a technique for steering charged particles through their interaction with dielectrics without the need for external electromagnetic fields. In the case of electron beams, there are still uncertainties about the phenomenon, particularly regarding its dependence on energy and whether there is a surface accumulation of charge known as the "Charge Patch." This study investigated the Guiding effect with electron beams ranging from 1 keV to 10 keV on a flat borosilicate sample. It was established that, with a higher incident beam energy, there was an increased current of the dispersed beam in the plane formed by the initial velocity of the incident beam and the normal to the borosilicate sample projected from the impact point of the beam. It was observed that the energy losses of the dispersed electrons did not exceed 10%. The irradiated area was measured using methods such as electrical polarization of a probe, charge transfer by contact, and deflection of a beam by Coulomb force. States of pre and post-irradiation of the borosilicate plate were identified; however, the specific magnitude of the charge patch could not be determined. A software for the automatic acquisition of data generated by the electrometer and electron gun with a visualization interface was developed. This software was implemented in Python and JavaScript using open-source software libraries.
2024-02-14T17:00:55Z
2024-02-14T17:00:55Z
2024-02-14
masterThesis
Jácome Herbozo, P.S.(2024).Estudio del efecto Guiding durante la interacción de haces de electrones de 1 keV a 10 keV con muestras macroscópicas de borosilicato.124 páginas. Quito : EPN, 2024.
T-MVE/1107/CD 13912
http://bibdigital.epn.edu.ec/handle/15000/25291
spa
openAccess
Quito ; EPN, 2024.