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Título : Descripción estadística del proceso de plegamiento del lazo 36 de la cadena AH2 de la Hemaglutinina
Autor : Calderón Figueroa, Jaime Rodrigo
Palabras clave : Física
Estadística
Fecha de publicación : 27-ago-2015
Editorial : Quito, 2015.
Citación : Calderón Figueroa, J. R. (2015). Descripción estadística del proceso de plegamiento del lazo 36 de la cadena AH2 de la Hemaglutinina. 78 hojas. Quito : EPN.
Resumen : In this work, we studied the transition of Hemagglutinin’s loop-36 between its non-fusogenic and fusogenic states, with a statistical mechanics approach. The initial sampling of the conformational space between this states, performed through a TMD simulation, found 11 intermediate groups (pseudo-conformations). They were the “seed” of the properly called conformations, of which we identified 321 in total. Along the TMD trajectory, we found an “entropic well” with an associated energy of 1.2 kcal/mol, as well as an enthalpic barrier of (279.93± 34.41) kcal/mol. The constructed potential-energy landscape is a rugged surface with 2 pronounced minimums and equipotential lines associated to different pseudo-conformations, which suggests the possibility of natural transitions between conformations explored by them. We proposed 16 transitions, based on the information contained in the first 2 principal components (48.36% of the data variance), the gyration radius and the RMSD of the structures.
Descripción : En este trabajo se estudió la transición del lazo 36 de la Hemaglutinina entre sus estados no-fusogénico y fusogénico con un enfoque mecano-estadístico. El muestreo inicial del espacio conformacional entre dichos estados, realizado mediante una simulación TMD, encontró 11 grupos intermedios, denominados pseudo-conformaciones. Éstos fueron un punto de partida para explorar las conformaciones propiamente dichas, de las cuales se identificaron 321 en total. A lo largo de la trayectoria TMD se encontró un “pozo de entropía” con una energía asociada de 1.2 kcal/mol, así como una barrera de entálpica de (279.93 ± 34.41) kcal/mol. El entorno de energía potencial construido es una superficie rugosa con 2 mínimos pronunciados y líneas equipotenciales asociadas a diferentes pseudo-conformaciones, lo cual sugiere la posibilidad de transiciones naturales entre las conformaciones exploradas por éstas. Se propusieron 16 transiciones, basados en la información contenida en: las dos primeras componentes principales (48.36% de la varianza de los datos), el radio de giro y el RMSD de las estructuras.
URI : http://bibdigital.epn.edu.ec/handle/15000/11439
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