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Título : Desarrollo de métodos para el mejoramiento de la capacidad de identificación de péptidos mediante espectrometría de masas de tiempo de vuelo
Autor : García Vera, Miguel Francisco
Palabras clave : ESPECTROMETRIA DE MASAS
FISICA DE IONES
PROTEOMICA
DISOCIACION INDUCIDA POR COLISIONES
Fecha de publicación : 23-jun-2011
Editorial : QUITO/EPN/2011
Resumen : La metodología estándar para la identificación de péptidos y proteínas consiste en la utilización de espectrometría de masas en conjunto con técnicas de fragmentación molecular, como la disociación inducida por colisiones (CID). En este trabajo se introducen dos métodos para mejorar la tasa de identificación de péptidos y proteínas. Para el primer método, hemos desarrollado un algoritmo automático (no supervisado) para recalibrar conjuntos de datos de corridas de LC/TOF-MS. El error promedio en la determinación de la masa se redujo de decenas de ppm a menos de un ppm. La dispersión del error mejoró hasta diez veces luego de la recalibración. En el segundo, se introduce un esquema de re-scoring de los péptidos identificados previamente mediante un programa comercial para realizar de novo sequencing El esquema utiliza la información presente en los espectros de fragmentación adquiridos a diferentes energías de colisión (15 eV, 35 eV y 55 eV). Los datos adquiridos a 35 eV y 55 eV fueron utilizados para obtener información de canales de fragmentación en fragmentos de tipo a, c, x, z y iones immonio. La tasa de aminoácidos y péptidos correctamente identificados luego del procedimiento de re-scoring se incrementó hasta en un 10%.
URI : http://bibdigital.epn.edu.ec/handle/15000/3871
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